Diecezja pelplińska składała się od 25 marca 1992 z dekanatów z dawnych diecezji: chełmińskiej, koszalińsko-kołobrzeskiej oraz z jednego dekanatu archidiecezji gnieźnieńskiej. 10 marca 2004 w związku z powstaniem diecezji bydgoskiej wyłączono z diecezji pelplińskiej kilka dekanatów i utworzono nowe. Obecne diecezja składa się z 30 dekanatów.
